Добрый день!
Отличаться, конечно, могут, но не существенно.
Если отличаются существенно, тогда лучше и в 1С привести в соответствие.
Цитата: Сказали, что не будут открывать предыдущие периоды
Кто сказал? Ваши же сотрудники? Доложите руководству и пусть решает вопрос с теми, кто не будет открывать.
Дело в том, что если налоговики увидят существенные различия, они просто начнут "рыть землю", считая, что Вы просто "техническая компания" для того, чтобы отмывать бюджетные деньги. Я думаю, Вам всем не поздоровиться от таких формулировок. И руководител.ю и тем, кто не хочет "открывать" период.
Если отличия несущественные, то и проблем нет.
Успехов!